2013年10月のInDesign勉強会で、標題のような質問をうけました。
同様の問題は、自宅と事務所のパソコンでInDesignのカスタマイズを同じにしたい、など、常におこる問題だと思います。
その解説は、次のアドビのサイトに書かれています。
http://helpx.adobe.com/jp/indesign/kb/cpsid_84488.html#main_anc_b_1
ということで、それを見てもらえば解決するのですが、オセッカイ症の僕は、その要約を以下に書いてみます。
InDesignは、自分なりに便利にカスタマイズした次のような機能を保存できます。
○ワークスペース（「Workspaces」フォルダー）
○合成フォント（「CompositeFont」フォルダー）
○字形の情報（「Glyph Sets」フォルダー）
○検索と置換のクエリ（「Find-Change Queries」フォルダー）
○スクリプト（「Scripts」フォルダー）
など。
その保存場所が、InDesignのバージョンによって微妙に別の場所になるので、新しいバージョンの所定の場所（環境設定）にコピーする必要があるのです。
その場所とは、以下のとおりです。以下の「Version X.X-J」フォルダの下に前記のフォルダがあります。
InDesign CS3
Windows Vista ： C:￥Users￥＜ユーザー名＞￥AppData￥Roaming￥Adobe￥InDesign￥Version 5.0-J
Windows XP ： C:￥Documents and Settings￥＜ユーザー名＞￥Application Data￥Adobe￥InDesign￥Version 5.0-J
Macintosh ： Macintosh HD/ユーザ/＜ユーザー名＞/ライブラリ/Preferences/Adobe InDesign/Version 5.0-J
InDesign CS4/CS5.x/CS6/CC
Windows 8 / 7 / Vista ： C:￥Users￥＜ユーザー名＞￥AppData￥Roaming￥Adobe￥InDesign￥Version ＜バージョン＞-J￥ja_JP
Windows XP ： C:￥Documents and Settings￥＜ユーザー名＞￥Application Data￥Adobe￥InDesign￥Version ＜バージョン＞-J￥ja_JP
Macintosh ： Macintosh HD/ユーザ/＜ユーザー名＞/ライブラリ/Preferences/Adobe InDesign/Version ＜バージョン＞-J/ja_JP
上記の＜バージョン＞は次のように対応しています。
InDesignのバージョン 上記のフォルダ表記
InDesign CS4 Version 6.0-J
InDesign CS5 Version 7.0-J
InDesign CS5.5 Version 7.5-J
InDesign CS6 Version 8.0-J
InDesign CC Version 9.0-J
これはぜひ知っておいていただきたい情報です。